A számos feladat első lépése a beázó tetőszerkezet felújítása volt.
Az „idő sürget” gondolattal foglalható össze a műemlék templomunk tető-felújításának szervezése. 1999-ben a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériuma által kiírt „Épített örökség megóvása” kategóriában sikeresen pályázatott az egyházközség.
Az 5.000 000 forint támogatás segítségével sikerült megoldani a felújítást, a héjazat cseréjét. 1999 szeptemberében kezdődött el a munka fedélhéjazat és lécezés bontásával, majd az ezeket helyettesítő műanyag erősítő fólia elhelyezésével. A tetőszerkezet a csendesítők – az erőtanilag legjobban igénybevett részeken – károsodott a legnagyobb mértékben, így itt kezdődött el a munka:
- talpszelemen cseréje,
- függesztő művek támaszainak toldásával,
- az új – erősítő –ferde dúcok beépítésével,
- a szaruzat szükség szerinti kinevelésével,
- a deszkázat – faanyagvédelem utáni – felszegezésével.
A felújítása során legnagyobb gondot a nagykupola feletti tetőszerkezet megsüllyedése jelentett, hiszen a tetőszerkezetet már a kupola tartotta. Ennek kiemelésére több lehetőség is adódott, de a kivitelező a takarékosabb megoldást választotta: a szerkezet eredeti erőtanát megtartva készült el a nagykupoláról való tetőkiemelés.
A tetőszerkezet keresztszárnyáig rézanyagú síklemez került fel, ill. ereszcsatorna.
A templomtető felújításának költsége 33 millió forint volt, melyet a Jászapáti Város Önkormányzata, az Egri Főegyházmegyei Hatóság, a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztérium pályázata, külföldi egyházi adomány, a hívek adománya és A Jászapáti Templomért Alapítvány támogatásával sikerült megvalósítani.
A templomtető felújítása során bukkantunk a Horváth Lukács-féle gótikus torony egykor külvilágra néző, ma a templom padlására vezető gótikus ablakra. Szakemberek egyöntetű javaslata az ablakot a világ szeme elé tárandóan egy látható helyre helyezni.
2002 májusában Dr. Seregély István egri érsek végezte a megújult templomtető megszentelését, s az ünnepi szentmise keretében áldást kért minden támogató számára.